Коллекция микроорганизмов основана в 1976 году при Институте микробиологии и вирусологии КН МОН РК и является одной из значимых научных коллекций Республики Казахстан.
В коллекции поддерживаются штаммы бактерий, актиномицетов, дрожжей и мицелиальных грибов, изолированные из различных природных и антропогенных источников. Фонды включают типовые, референтные, промышленные и патентованные штаммы, представляющие научный и практический интерес.
Коллекция постоянно развивается: проводится систематическая ревизия поддерживаемых культур в соответствии с современными подходами к систематике микроорганизмов, а также осуществляется регулярное пополнение фонда новыми штаммами, включая виды, ранее не представленные в коллекции.